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Les dejo acá una lista personal de alguno de los mejores proyectos OpenSource que he encontrado hasta la fecha y que utilizo en una u otra forma.

CentOS
http://www.centos.org
Distribución de Linux con enfoque Enterprise basada en el código de RedHat Enterprise Linux

phpMyAdmin
http://www.phpmyadmin.net
Herramienta para administrar desde el web un servidor MySQL

WordPress
http://www.wordpress.org
CMS orientado a la administración de blogs

Zimbra
http://www.zimbra.com
Suite de colaboración robusta que incluye: servidor de correo, calendario, tareas, agenda, cliente de mensajería instantánea, etc. Permite compartir todos estos elementos con otros usuarios del grupo de trabajo, dominio o usuarios externos.

Untangle
http://www.untangle.com
Gateway de seguridad. Puede ser configurado en modo router o en modo bridge transparente. Incluye: Antivirus, antispam, anti phishing, control de protocolos, firewall, control de navegación, etc.

Kannel
http://www.kannel.org
Gateway de mensajería de texto para celulares. Muy rápido y capaz de interactuar con aplicaciones desarrolladas casi en cualquier lenguaje de programación.

Elastix
http://www.elastix.org
Software que integra las mejores herramientas disponibles para PBXs basados en Asterisk. Se descarga un ISO con CentOS como Sistema Operativo y todos las aplicaciones preconfiguradas.

OCS Inventory
http://www.ocsinventory-ng.org
Aplicación cliente-servidor que permite tener un control de los equipos y software instalado en las computadoras de una red

Splunk
http://www.splunk.com/
Herramienta para controlar, asegurar y auditar la infraestructura IT. Realiza captura y análisis de logs, eventos de sistema, etc.

Zenoss
http://www.zenoss.org
Herramienta para monitoreo de aplicaciones, redes, servidores y todo equipo de red. Realiza pruebas basado en snmp, icmp y servicios.

Cyn.in
http://www.cynapse.com/products/cynin/
Software de colaboración para grupos de trabajo, ideal para mensajería interna, compartir archivos, etc.

CalemEAM
http://eam.calemeam.com/eam/
Aplicación para administrar los activos fijos de una empresa.

Alfresco
http://www.alfresco.com/
Herramienta con perfil corporativo para gestionar documentos y realizar colaboración

iFolder
http://www.ifolder.com/ifolder
Herramienta para sincronizar, realizar respaldos y compartir información